作业帮微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属?相似度小于百分之几的断定为不同种?相似度小于百分之几的断定为不同属?2006-6-18补充说明：就是16S rDNA在NCBI的BLAST结果当然这不能作为
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/11/15 15:21:59
微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属?相似度小于百分之几的断定为不同种?相似度小于百分之几的断定为不同属?2006-6-18补充说明：就是16S rDNA在NCBI的BLAST结果当然这不能作为
微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属?
相似度小于百分之几的断定为不同种?
相似度小于百分之几的断定为不同属?
2006-6-18补充说明：
就是16S rDNA在NCBI的BLAST结果
当然这不能作为判断种属的确定依据
但是有说法称一般Identity小于99%即可初步认为是不同种
但是小于百分之多少初步认为是不同属？
可能是我先前表述不够清楚
微生物基因序列对比差异大于多少可判定为不同种属?相似度小于百分之几的断定为不同种?相似度小于百分之几的断定为不同属?2006-6-18补充说明：就是16S rDNA在NCBI的BLAST结果当然这不能作为
1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为,G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种,差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种,因此,G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交,可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性,以此判断两菌株是否属同一种.一般在相同的菌种中,DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上,若低于20%基本可考虑为无关菌系,65%～80%之间的菌有较多的同源性,提示为同一属的不同种.但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断,应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交,因为rRNA在进化过程中保守性更强.例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中,黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率,而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%.Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种,而集峰曲霉则划分为一个新种.
但由于该技术操作复杂、费时,并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义,所以该技术没有被广泛应用.
不能这么判断。
种和属的定义跟基因序列相似度没有关系的，所以不能这么判定
生物信息学
http://www1.glmc.edu.cn/genome/index9.asp
专业的介绍,你自己看吧!结果自己定夺的好!!!!
真核细菌比对18sr dna区域，原核细菌比对16sr dna，这两段是基因的保守序列。
一般在得到基因的上面两个保守序列后（原核、真核各对应一种），将基因序列拿到ncbi上进行blast，根据比对结果在genebank中查询高相似的相关基因序列（一般在96％以上，也有更高的，我以前查到的一个菌均在99.5％以上），然后将序列输入vector nti中进行alignment，得到“进化树”...
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真核细菌比对18sr dna区域，原核细菌比对16sr dna，这两段是基因的保守序列。
一般在得到基因的上面两个保守序列后（原核、真核各对应一种），将基因序列拿到ncbi上进行blast，根据比对结果在genebank中查询高相似的相关基因序列（一般在96％以上，也有更高的，我以前查到的一个菌均在99.5％以上），然后将序列输入vector nti中进行alignment，得到“进化树”（当然也能使用用MEGA作进化树），相关种属关系在进化树中一目了然了。
ncbi（分子生物学研究者的圣地之一）：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
ncbi blast：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
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我是四楼，2006-6-18补充说明。
这样吧，你把序列发给我吧，我帮你比对后把进化树发给你。
我的邮箱在我个人资料中有。
当然如果你自己就熟悉vector nti之类的软件，那我想我也无能为力了，但是依靠该软件通过进化树确定菌株种属的可行性是毫无疑问的，我们这本身也是通过此方法鉴定菌株的，当然前提是菌株测序的准确性。
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.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G...
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.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种，因此，G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交，可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性，以此判断两菌株是否属同一种。一般在相同的菌种中，DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上，若低于20%基本可考虑为无关菌系，65%～80%之间的菌有较多的同源性，提示为同一属的不同种。但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断，应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交，因为rRNA在进化过程中保守性更强。例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中，黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率，而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%。Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种，而集峰曲霉则划分为一个新种。
但由于该技术操作复杂、费时，并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义，所以该技术没有被广泛应用。
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采取有性生殖的物种一般不这样判断。
采取有性生殖的两生物如能交配产生可育后代，则为同一物种；如不能，则不是同一物种。
而采取无性生殖的生物，则是通过遗传物质的相似程度来划分物种。
如AIDS和SARS是以RNA为遗传物质的病毒，他们的RNA不能相互复制，所以两者不是同一物种。...
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采取有性生殖的物种一般不这样判断。
采取有性生殖的两生物如能交配产生可育后代，则为同一物种；如不能，则不是同一物种。
而采取无性生殖的生物，则是通过遗传物质的相似程度来划分物种。
如AIDS和SARS是以RNA为遗传物质的病毒，他们的RNA不能相互复制，所以两者不是同一物种。
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G...
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种，因此，G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交，可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性，以此判断两菌株是否属同一种。一般在相同的菌种中，DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上，若低于20%基本可考虑为无关菌系，65%～80%之间的菌有较多的同源性，提示为同一属的不同种。但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断，应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交，因为rRNA在进化过程中保守性更强。例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中，黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率，而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%。Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种，而集峰曲霉则划分为一个新种。
但由于该技术操作复杂、费时，并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义，所以该技术没有被广泛应用。
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不能这么看
DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G&...
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DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种，因此，G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交，可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性，以此判断两菌株是否属同一种。一般在相同的菌种中，DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上，若低于20%基本可考虑为无关菌系，65%～80%之间的菌有较多的同源性，提示为同一属的不同种。但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断，应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交，因为rRNA在进化过程中保守性更强。例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中，黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率，而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%。Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种，而集峰曲霉则划分为一个新种。
但由于该技术操作复杂、费时，并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义，所以该技术没有被广泛应用。
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G...
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种，因此，G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交，可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性，以此判断两菌株是否属同一种。一般在相同的菌种中，DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上，若低于20%基本可考虑为无关菌系，65%～80%之间的菌有较多的同源性，提示为同一属的不同种。但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断，应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交，因为rRNA在进化过程中保守性更强。例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中，黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率，而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%。Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种，而集峰曲霉则划分为一个新种。
但由于该技术操作复杂、费时，并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义，所以该技术没有被广泛应用。
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G...
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1.DNA G+Cmol％ GC含量差异即可确定DNA的不同,这是真菌分类鉴定的重要遗传指标之一.一般认为，G+C mol%差别大于20%是不同属的菌；差别在10%～15%之间是同属不同种，差别在5%以内则可能是种内不同菌株.但是G+Cmol％相同也不能判断属于同一个种，因此，G+Cmol％只具有否定价值
所以最重要的方法是核酸杂交技术,其中应用最多的是DNA-DNA杂交,即:
2.采用示踪物标记的一条DNA分子与另一条在适当条件下杂交，可获得两者间的杂交百分率即DNA同源性，以此判断两菌株是否属同一种。一般在相同的菌种中，DNA/DNA杂交的成功率高达80%以上，若低于20%基本可考虑为无关菌系，65%～80%之间的菌有较多的同源性，提示为同一属的不同种。但如结果在20%～25%范围时则难以作出判断，应并用其它方法分析确定
3.对属或属以上水平的分类则采用DNA/rRNA杂交，因为rRNA在进化过程中保守性更强。例如,Kurtzman等在对黄曲霉群中各菌种的DNA关系研究中，黄曲霉和寄生曲霉显示79%的DNA杂交率，而集峰曲霉和黄曲霉的DNA杂交率只有39%。Kurtzman根据这些研究结果建议把黄曲霉和寄生曲霉划为黄曲霉的两个变种，而集峰曲霉则划分为一个新种。
但由于该技术操作复杂、费时，并且在细菌分类上其应用价值没有测定rRNA序列有意义，所以该技术没有被广泛应用。
参考资料：http://study.hactcm.edu.cn/ShowContent.asp?ContentID=1147
回答者：lilodido - 见习魔法师 二级 6-17 04:38
生物信息学
http://www1.glmc.edu.cn/genome/index9.asp
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