作业帮基因的共线性分析怎么做,做进化分析
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/11/15 21:01:54
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基因的共线性分析怎么做,做进化分析
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基因的共线性分析怎么做,做进化分析
简单一些的,直接去找MCScanX这个软件,按照软件说明,使用基因组的蛋白序列进行blastp比对,比完之后直接作为这个软件的输入文件运行分析,这个软件也提供了一些后续分析手段.
复杂一些,共线性分析通常分成两大步骤,第一个是寻找同源对应关系,前面说的blastp就是一个方法,还有文献会在blastp的基础上,进一步设定计算公式以获取筛选过的、更可靠的对应关系,找个基因组文章看看,一般都有.第二个步骤是在对应关系基础上搜索共线性,也有两个选择,一个是精确要求基因顺序具有排列上的共线性,另一个是根据基因的顺序,将基因分组（数个基因作为一个单元）,允许单元内部基因共线性有差异,但在单元间具有共线性,这种就是所谓的“同线性”关系.
软件很多的,MCScanX及其原型MCScan,还有MCScan的原型,貌似lastz、last等软甲还可以比较DNA水平上的共线性关系,我是觉得MCScanX最简单,所以就给你推荐了.
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